2022年是不平凡的一年，神州大地新冠疫情此起彼伏，从未间断。嘉兴作为长三角城市群重要城市，交通便利，人员流动大，面临的疫情输入风险极高。一年下来，大大小小的疫情已达几十起。新冠奥密克戎毒株临床症状不典型，并且存在隐匿传播，病毒的种种特征为流行病学的调查带来了极大的难度。为了克服这种困难，只好从分子流行病学的角度入手。为了给现场流调提供实验数据支撑，嘉兴市疾病预防控制中心微生物检验科开展了三代测序数十余次，测序标本300余份，获得完整新冠病毒全基因组序列近150条。为快速准确的锁定传染源，分析传播路径提供了大量的分子流行病学证据。
一、面对重重疫情，中心实验室抽丝剥茧，还原传播真相。
今年2月起，嘉兴周边地区新冠肺炎阳性感染者呈迅猛增长之势，让地处长三角腹地的嘉兴危机重重。但是诡谲的新冠病毒还是以迅雷不及掩耳之势撕开了嘉兴的防线。2022年3月5日，嘉善县在“愿检尽检”中检出1例本地新冠肺炎阳性感染者。由于来源不明，嘉兴市疾控中心领导要求第一时间开展病毒基因测序。微生物检验科工作人员立即响应，开展病毒全基因组三代测序，证实为新冠病毒奥密克戎变异株BA.2.2分支，为外省输入引发的嘉兴本土首起奥密克戎新冠疫情病例，自此，嘉兴全市开始出现了新冠奥密克戎株疫情多点散发的态势。
3月11日，海宁市许村镇检出本地新冠肺炎阳性感染者。3月13日，平湖市通报1例新冠肺炎感染者。3月28日，嘉兴经济技术开发区再报告新增4例阳性感染者，且与水果市场和蔬菜批发交易市场相关。嘉兴各地 “战事”不断，为了给疫情溯源提供线索，疾控中心检验科的工作人员基因测序工作就一直没有停过。仅3月份就开展了11个批次测序，成功获得98条病毒全基因组序列，并将部分序列提交GIASID全球共享基因库。由于测序工作步骤繁琐，周期长，每一步的操作细节都会直接影响后续结果，对于工作人员的身心都是巨大考验。但是为了获取“第一手资料”，工作人员往往是放弃休息，开夜工，连续作战，全力以赴开展新冠病毒基因测序。
5月初，正值小长假，嘉善县又突发疫情，5月1日，5月3日，5月8日分别爆发了三起疫情，并且涉及学校等重点场所。传染来源不明，链条不清晰，给现场流行病学的处置带来极大困难。中心检验科同事分别对3起疫情的人员做了三代测序。通过对病毒全基因组序列变异位点的精准分析，判定3起疫情为相互独立的事件，解决了现场流调工作中的难点与疑点，为现场流调工作捋清了思路。10月24日，中心实验室又检测出新的突变株BF.7，为及时追踪病毒变异提供了方向。
二、边战边练，持续加强测序、溯源比对，生信分析的能力提升。
三代测序是近些年测序领域发展起来的新技术，具有读长较长，测序时间短等特点。中心微生物检验科通过学习和实践快速掌握了这项较为复杂的技术，并且能够通过生信分析对序列开展比对和溯源。基因测序是对流行病学调查的充分补充，能够“透过现象看本质”。在流调数据不完整的情况下，能为分析疫情传播链起到关键作用。
每一次接到任务，检验科的工作人员都是马不停蹄地开始实验。试剂准备，基因扩增，文库构建，上机测序，每个步骤都要求工作人员做到“无缝衔接”。做完实验，都已经是后半夜，但是工作人员还是不能停歇，因为后续的数据分析同样非常关键。通过序列拼接，生物信息学分析以及同源性比对等工作。搞清了传染来源，理清了传播链条，工作才算真正结束。
一份份鼻咽拭子标本，一条条准确无误的基因序列是工作人员日夜奋战的“战疫”成果。通过全基因组测序，不仅使病毒基因内部细节得以重现，同时帮助流调人员梳理传播链条，迅速排查潜在的风险，精准锁定密接人员，在一次次的嘉兴疫情防控阻击战中发挥了分子追溯、精准防控的突出作用，为病例的流行病学调查提供了强有力的技术支撑。（微生物检验科 吕沈聪）
